保護生物學學院（Faculty of Conservation Biology, FCB）的前身為森林保護系（1983年成立），2001年學校院系調(diào)整時成為西南林學院獨立的二級分院。主要從事保護生物學，有害生物綜合治理，生物與仿生農(nóng)藥的開發(fā)研究，森林、花卉、草坪等植物的病蟲害防治，消防工程（包括森林消防和城市消防），生物多樣性保護，瀕危物種保護，野生動植物保護與利用，自然保護區(qū)綜合科學考察以及自然保護區(qū)管理及其規(guī)劃，生物多樣性保護及自然保護公眾意識教育等方面的人才培養(yǎng)和科研工作。
　　保護生物學學院現(xiàn)有森林保護學及野生動植物保護與利用兩個省級重點學科，目前招生的專業(yè)有：野生動植物與自然保護區(qū)管理、森林資源保護與游憩（森林保護方向）、植物保護、消防工程、動物科學等五個本科專業(yè)和森林防火一個?？茖I(yè)。現(xiàn)有森林保護學和野生動植物保護與利用兩個碩士點，其中森林保護學碩士點為1980國務院第一批批準的碩士點，是西南林學院歷史最為悠久的碩士點之一。
　　學院目前在冊教職工48名，其中教授10名，副教授10名(不包括其它教學部門兼職人員)，講師13名，助教11名，教輔人員4名，博士研究生導師2名，碩士研究生導師19名，具有博士學位者8名，具有碩士學位者25名（其中在讀博士8名），享受政府特殊津貼者6人，是西南林學院師資力量最為雄厚的分院之一。
　　自1983年建立森林保護系（保護生物學學院的前身）以來到2003年底，已為社會輸送合格本、?？飘厴I(yè)生約2300多名，碩士研究生76名。
　　在科研方面，曾經(jīng)主持和參加了幾十項國際合作、國家級、省級以及橫向合作項目。1998年至2001年間，完成主要科研究項目18項，其中國際合作項目3項，國家、省部級項目14項。近五年來，學院科研成績斐然。在各級各類刊物上發(fā)表論文200余篇，其中在核心期刊上發(fā)表論文90篇；在獲省部級以上科研獎勵22項，如“云南主要林木病害及防治研究”獲1996年云南省科技進步一等獎，“紫莖澤蘭綜合控制技術推廣”獲1999年國家科技進步三等獎；科技推廣項目經(jīng)濟效益顯著。多年來，保護生物學學院在自然保護區(qū)綜合考察、保護區(qū)管理和技術培訓做了大量工作，取得了可喜的成績。比如，本分院曾經(jīng)參加或主持了大圍山、銅壁關、麗江老君山等10余個國家級自然保護區(qū)綜合科學考察和申報。
　　保護生物學學院下設昆蟲學教研室、植物病理與微生物學教研室、有害生物控制教研室、野生動物保護教研室、消防工程教研室、動物科學教研室等6個教研室。擁有3個綜合實驗室（動物學綜合實驗室、植物保護綜合實驗室、消防工程綜合實驗室），實驗室建設完善，配備有相關教學和研究所需的各種精密儀器。還擁有昆蟲標本室1個，植物病理標本室1個，野生動物標本室1個。
　　學院貫徹國家教育方針，遵循教育規(guī)律，以提高學生綜合素質為宗旨，積極探索具有時代特色和自身特色的辦學思想和方法。在知識傳播過程中，突出培養(yǎng)學生的創(chuàng)新意識，提高學生發(fā)現(xiàn)問題、分析問題和解決問題的能力以及交流和合作能力，造就“德、智、體、美、勞”全面發(fā)展的復合性人才。
　　保護生物學學院未來的發(fā)展目標是：為了滿足西南地區(qū)生物多樣性保護、生態(tài)建設和生態(tài)安全的人才需求，促進生態(tài)保護與可持續(xù)發(fā)展的實踐與科研教育事業(yè)的發(fā)展，學院圍繞以動物為主的動植物保護與利用、自然保護區(qū)規(guī)劃與管理、有害生物控制與生態(tài)健康、森林防火、生物多樣性保護意識教育開展專業(yè)與學科建設，以本科教育為中心，研究生教育為重點，將學院建成在國內(nèi)外有影響的教學研究性學院。