藥學學科2005年被國務院學位辦批準為一級學科碩士學位授權點，現(xiàn)設有9個二級學科碩士學位授權點。包括藥理學、生藥學、藥物分析學、藥劑學、藥物化學、微生物與生化藥學、制藥工程學、社會發(fā)展與管理藥學、藥物經(jīng)濟學。2010年被批準為一級學科碩士專業(yè)學位授權點，下設制藥技術、藥物分析與檢驗、臨床藥學和藥事與企業(yè)管理4個方向領域。藥學專業(yè)2011年被評為吉林省“十二五”特色專業(yè)，藥學院實驗教學中心是吉林省實驗教學示范中心，藥學基礎實驗室被確定為中央與地方共建實驗室。經(jīng)綜合教學改革，形成了具有我校自身特點和優(yōu)勢的中藥、化學藥和生物制藥相結合的教學、科研與應用開發(fā)學科群體系，通過加強對學生實踐動手能力和創(chuàng)新能力的培養(yǎng)，畢業(yè)生就業(yè)集中在北京、上海、浙江、江蘇及吉林等大中型醫(yī)藥企業(yè)事業(yè)單位。