歷史系始創(chuàng)于1977年，原屬于復旦大學分校，1994年，歷史系隨文學院一起并入新的上海大學。歷史系自設立以來，一直圍繞歷史本科教育展開各項教學活動，并逐漸提升學科水平，建立研究型的系科。目前歷史系有中國史博士后流動站，中國歷史和世界歷史兩個一級學科博士點，一個一級學科碩士點——考古學，從而形成了一個從本科到博士教育的完整的人才培養(yǎng)基地。
近年來，歷史系立足于學科的硬件和軟件建設，致力于提升整體的教學與科研水平，推動學科快速發(fā)展。目前本系有教師33人，其中27人具有博士學位，教授14人，講師11人，博導10人，上海市浦江人才2人、曙光學者2人，海外歸國教師8人，從而形成了一支年齡、學歷結構合理、學源多元、充滿朝氣的師資隊伍。
近五年來，歷史系學術成果斐然，主持國家及省部級縱向課題36項，其中國家社科基金12項，教育部人文社科基金4項，2012年，歷史系陶飛亞教授領銜的“漢語基督教文獻書目的整理與研究”課題和謝維揚教授領銜的“中國國家起源研究的理論與方法”課題為國家社科基金重大項目；出版學術專著62部，在《中國社會科學》、《歷史研究》、《近代史研究》、《世界歷史》、《史學理論研究》、Journal of Modern Chinese History、Journal
of Sino-Western Communications、Studies in World Christianity等國內(nèi)外學術期刊上發(fā)表論文200余篇，獲省部級科研獎9項。歷史系已發(fā)展成為上海市乃至全國的一個新興的史學研究重鎮(zhèn)。
通過長期的積累和有計劃的學科建設，本系進一步加強和優(yōu)化了學科的布局與結構，形成了與上海、乃至全國兄弟院校同類學科錯位發(fā)展的優(yōu)勢，在中國近現(xiàn)代宗教史、中國近現(xiàn)代學術思想史、中國近現(xiàn)代社會生活史、中國古代文明史、西方社會文化史、全球?qū)W等研究方向上形成了自己的特點和優(yōu)勢。本學科2005年就被上海市教委列為第五期重點建設學科，2009年成為上海大學“211工程”三期重點學科建設項目之一。
本系設有古代文明研究中心、和平發(fā)展研究中心、宗教與中國社會研究中心、全球?qū)W研究中心、馬斯托禁毒政策研究中心、考古與博物館學研究中心等六個研究中心。這些中心成為了歷史系教師進行合作研究和對外交流的重要平臺。
本系注重與國外著名高校、學術機構的交流。五年來，我們共計派出教師14人/次前往牛津大學、耶魯大學等海外高校、科研機構訪學，并與舊金山大學、美國宗教學會、國際全球?qū)W合作團隊、納粹大屠殺教育國際行動委員會、旅美華人歷史學會、韓國高等宗教研究所等合作舉辦了14次國際學術會議。學科發(fā)展與國際交流的增多，也為本科生和研究生搭建了廣闊的發(fā)展舞臺。我們曾延請倫敦國王學院狄得滿（R.G.Tidemann）教授、美國哈特福特宗教學院Doreen McFarlane教授及懷俄明大學的教師等來本系開課。最近幾年很多本科生和研究生或作為交流生出國訪學，或到國外參加相關學術會議，有的則通過考試到美國、澳大利亞等國外高校攻讀碩士或博士學位。由于這種良好的培養(yǎng)機制，我們的本科生和研究生的培養(yǎng)質(zhì)量迅速提高，有的博士生、碩士生已在《歷史研究》、《世界歷史》等權威刊物上獨立發(fā)表論文。